管理科学与工程一级学科科学硕士，设置有四个二级学科。即：

• 管理科学理论与方法

• 供应链管理优化

• 经济组织管理与优化

• 金融工程

• 产业组织理论

• 信息系统战略与管理

• 管理决策与商务智能

• ASP与IT外包管理

• 协同商务理论与模式

• 先进制造管理

• 生产及制造系统工程

• 服务运作管理

• 可靠性与质量工程

• 人因工程

• 运筹与运作管理

• 物流系统规划与设计

• 物流企业运作管理

• 物流管理定量分析与决策技术

• 供应链系统优化与仿真

• 运筹与运作管理